Zmarł na ciężkie zapalenie płuc 22 marca 1898 w wieku 75 lat. W dniu 25 marca 1898 r. został pochowany na cmentarzu wjabbecke, w miejscowości, w której się urodził i mieszkał. Komisja lekarska, do której obok dra Affenauera z Oudenbourg należeli również dr van Hoestenberghe z Stalhille, lekarz biedoty gminy Brügge, i dr Verriest z Brügge, a także kościelne gremia z diecezji Brügge, rodzimej diecezji Pietera de Ruddera, zajmowały się tym uzdrowieniem jeszcze za jego życia. Aby zademonstrować uzdrowienie w sposób nie do zakwestionowania, w dniu 24 maja 1899 r., w czternaście miesięcy po pogrzebie, ekshumowano zwłoki Pietera de Ruddera41. Dr van Hoestenberghe dokonał oględzin nóg ekshumowanego. W ten sposób w 23 lata po uzdrowieniu stało się możliwe przeprowadzenie dokładnych badań i pomiarów. Same kości nóg Pietera de Ruddera, ich dokładne pomiary i fotografie42 stały się ważnymi argumentami w pełnym emocji sporze na temat tego uzdrowienia. Zabrało w nim głos ponad stu przedstawicieli świata medycyny. Były przekonywającymi dowodami, że wyzdrowienie to nie daje się uzasadnić w sposób medyczny. Odpowiednia do miejsca zamieszkania Pietera de Ruddera komisja kościelna w Brügge (Belgia) ogłosiła 25 lipca 1908 r. jego wyzdrowienie za cud.