Początkowo bezkonfliktowa i pełna wzajemnego zaufania współpraca lekarzy i przedstawicieli Kościoła katolickiego znalazła się już wkrótce pod ciężkim ostrzałem kręgów zarówno antyklerykalnych, jak i liberalnych, ateistycznych czy też akademickich oraz niemałej liczby dziennikarzy. Lekarzom biorącym udział w przeprowadzanych nad uzdrowionymi badaniach zarzucano, że dają się wykorzystywać jako poplecznicy kościelnej manifestacji cudów. Atakowano ich godność i etykę zawodową! Te zdecydowanie wrogie Kościołowi nastroje w 2 poł. XIX w., a także praktyka zniesławiania przez kolegów po fachu czynnych w Lourdes lekarzy obszerniej została opisana w rozdziale „Zagadkowa przerwa”. Zarzucano tym lekarzom (czasem nawet robił to Kościół), że przekraczają swoje kompetencje i sami „sygnalizują” cuda. Z pewnością też nie było przypadkiem, że również niektórzy z grona duchownych przekraczali swoje kompetencje i wpływali na badania i opinie lekarskie, krzywdząc i oszukując lekarzy oddanych Kościołowi. Ażeby nie zamotać się beznadziejnie w walkach o kompetencje, coraz wyraźniej zarówno wśród lekarzy, jak też wśród teologów dojrzewała potrzeba wyraźnego rozdzielenia kompetencji obu stron i dokładnego ustalenia sposobu postępowania, a także bardzo szczegółowego prowadzenia wszystkich badań i ostrożnego podejmowania decyzji. Celem tych uzgodnień miało być usunięcie wzajemnych podejrzeń i pretensji oraz zaprezentowanie bardzo wymagającej opinii publicznej wspólnej i jednocześnie rzetelnej od strony naukowej metody pracy. Ażeby zapewnić pracom pewną „przejrzystość”, zapewne także dla podniesienia wiarygodności praktykujących w Lourdes lekarzy, zdecydowano, że oprócz lekarzy z Lourdes w pracach Biura Medycznego mogą brać udział wszyscy zainteresowani lekarze – bez względu na wyznanie – po przedłożeniu licencji lekarskiej.
Nie tylko musiano rozdzielić kompetencje. Równocześnie należało określić bardzo delikatną sferę wzajemnej współpracy między lekarzami i Kościołem. Ostatecznie została przyjęta zasada, że lekarzowi nie wolno stwierdzać cudów, a duchowny nie powinien szczegółowo zajmować się ich stroną lekarską.
